Agencijom upravlja Upravno vijeće koje se sastoji od tri člana od kojih je jedan predsjednik Upravnog vijeća, a jedan zamjenik predsjednika.
Članovi Upravnog vijeća imenuju se nakon provedenog javnog natječaja koji provodi Ministarstvo pomorstva, prometa i infrastrukture. Predsjednika, zamjenika predsjednika i člana Upravnog vijeća imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske na način i pod uvjetima koji su propisani Zakonom i Statutom Agencije.
Članove Upravnog vijeća imenuju se na razdoblje od četiri godine, te iste osobe mogu biti ponovno imenovane.
Članovi Upravnog vijeća svoju dužnost obnašaju bez zasnivanja radnog odnosa u Agenciji.
Upravno vijeće nema izvršne ovlasti, kao ni ovlast za nametanje mjera na koje su Zakonom i ovim Statutom ovlašteni ravnatelj i glavni istražitelji Agencije.
Upravno vijeće upravlja Agencijom te u okviru svog djelokruga rada obavlja sljedeće poslove:
Članovi Upravnog vijeća Agencije za istraživanje nesreća u zračnom, pomorskom i željezničkom prometu su: